動物遺体の調査研究をおこなう研究者や学生は確実に増加していたものの、研究者間で広く情報を交換して、交流を深める場は存在していませんでした。
そうした中、日本考古学協会1995年度大会において『縄文人と貝塚』のシンポジウムが開催されることとなり、貝塚の調査や動物遺体の研究に携わる研究者が全国から多数参加されるものと予想されました。
そこで、この機会を利用して全国の研究者が交流できる場を設けようと、シンポジウムに先立つ1995年11月10日と11日に「動物考古学研究会(仮称)」が初めて開催されました。翌1996年からは「動物考古学研究集会」と名称が変更され、2012年までに16回の研究集会が日本各地で定期的に開催されました。
2013年、「日本動物考古学会」への移行に伴い、「研究集会」も「大会」に名称が変更されました。
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